Ziemia nie jest już taka, jak dawniej. Minęło dwadzieścia lat, odkąd światowi liderzy ogłosili bezwarunkową kapitulację wobec sił obcych. Grupa XCOM, ostatnia linia obrony planety, została zdziesiątkowana, a jej członkowie się rozproszyli. W XCOM 2 władzę na Ziemi piastują kosmici – chociaż na jej powierzchni wznoszą zachwycające miasta napełniające ludzi nadzieją na świetlaną przyszłość, skrycie realizują oni złowrogi plan i eliminują każdego, kto sprzeciwia się nowemu porządkowi.
Odrobinę wolności mają jedynie ci, którzy mieszkają gdzieś na krawędzi świata. To właśnie tutaj ponownie rodzi się ruch mający stanąć do walki o ludzkość. Ocaleli członkowie XCOM są w ciągłym biegu i mierzą się z niewyobrażalnymi trudnościami, a do tego muszą znaleźć sposób, by wzbudzić na całym świecie opór i raz na zawsze pozbyć się zagrożenia ze strony obcych.